馬修的上司受到航空資安公司鉅額的賄賂，為他們竄改飛機失事的真實經過，最後呈現在大眾面前的「真相」，其實只是個「假象」，多數因失事死去的人與家屬，他們最後一盞希望之火被徹底灰飛湮滅。
基於罪惡感日漸襲來，馬修的上司良知終於被喚醒，在一次次地被失事航空公司威逼利誘下，他選擇抵抗、消失在所有人的視線中，並隱約給予馬修一些追尋良知的線索。
馬修受法國民航安全調查分析局(BEA)高層命令繼承前輩衣缽，他至死至終，都未被利益的美色魅惑，他始終追尋的是內心的聲音，還有眾多死於飛機失事的民眾、家屬應得到的「真正真相」。
馬修所調查的這起事件，是一架從杜拜飛往巴黎的班機，在阿爾卑斯山不幸墜毀的駭人事件。從一開始認為機師操作錯誤，再到恐怖攻擊的推敲分析，更是萬萬沒想到這背後恐碰觸到「龐大商業利益」的種種不單純事件，都讓馬修經歷了一次又一次的心理挑戰，與承受人性醜陋的無情碰撞。
因為內心所追尋的正義，竊取妻子任職的飛機失事航空公司電腦機密，而使他的感情關係破裂；原本尋求馬修幫忙的記者，最後卻相信的是被竄改過的真相，而對馬修抱以精神異常、胡思亂想的異樣眼光；因過度調查，馬修最後被法國民航安全調查分析局(BEA)調遣離職。
在多重挫折情況下，他最後放棄了嗎？並沒有。他深知身而為人，比金錢更重要的是，待人友善與溫暖，以及在所做的一切事物中，抱持找尋正義、意義、價值的熱愛。
在準備離開原本辦公桌前的電腦，馬修驚覺有人竄改過去其他飛機失事案件的影片，並留下了從杜拜飛往巴黎這部班機的真正線索「黑盒子」。
他最後找到了事實的真相，過去被質疑有精神病的他也洗刷了冤屈，「有病的不是善良的自己，而是所身處的世界。」可惜持守良知的他並沒有保全他的生命。他在遇害之前，和妻子做了最忠心的告白，隨後壯烈犧牲，死於「車子系統被駭客入侵」高速撞樹的離奇車禍。
《黑盒線索》凸顯社會許多黑暗面，很多時候真相反而是握有權利者所捏造出來的假象，大多數的老百姓則手無寸鐵，只能默默接受。但電影的最後，是人心的良善帶走最後的勝利。
真正的真相最後被公諸於世，航空公司與資安公司亟欲自動駕駛取代機師背後龐大商機的陰謀、泯滅人性踐踏真相的作為被擺在大眾眼前，並提醒所有觀影的人，「不當的利益可能暫時讓你滿足貪婪的慾望，卻不能永遠勝過良知與善良，終究，所做的壞事會連同真相，一起被揭發。」
雖然馬修最後車禍離世，但他短暫的人生已足夠精彩、令人折服，面對金錢誘惑，但仍鼓起勇氣持守良知，這樣的人真的是了不起而善良的人。
